کانسار مگنتیت- آپاتیت‌ گزستان در 78 کیلومتری خاور بافق قرار دارد. از لحاظ ساختاری، این کانسار متعلق به زون ایران مرکزی و زیرزون بافق- پشت‌بادام است. واحدهای سنگی منطقه به سری ریزو تعلق دارند و متشکل از سنگ‌های کربناته، شیل، توف، ماسه‌سنگ و سنگ‌های آتشفشانی می‌باشند. علاوه بر سنگ‌های رسوبی و آتشفشانی، سنگ‌های نفوذی به شکل استوک و دایک و با ترکیب گرانودیوریت و گرانیت در بخش‌های مختلف رخنمون دارند. سنگ‌های سبز با ترکیب اسیدی تا حدواسط (تراکیت و داسیت در اثر دگرسانی کلریتی، به رنگ سبز دیده می‌شوند)، میزبان کانی‌سازی آهن و فسفات هستند که در برخی قسمت‌ها، رخساره‌های نیمه‌ژرف نشان می‌دهند. دگرسانی در سنگ‌های آتشفشانی آشکارتر و انواع شدیدتر آن شامل دگرسانی‌های کلریتی‌، آرژیلی و سیلیسی می‌باشد که در ارتباط با کانی‌زائی می‌باشند. اغلب دگرسانی‌های موجود در منطقه منطبق بر شکستگی‌ها و گسل‌هامی‌باشند. سنگ‌های میزبان کانی‌سازی، به‌شدت دگرسانی نشان می‌دهند.

سنگ‌های منطقه کانسار در محدوده ساب‌آلکالن قرار می‌گیرند. محیطهای تکتونیکی ریفت درون‌قاره‌ای و زون فرورانش حاشیه قاره‌ای از مهمترین و مناسب‌ترین محیطها برای این کانسارهستند.

کانی‌سازی در کانسار گزستان شامل ترکیبی از اکسیدهای آهن و آپاتیت به نسبت‌های مختلف است که با کمی کوارتز و کلسیت همراهی می‌شود و به شکل‌های متفاوت درون سنگ‌های تراکیتی- داسیتی و کمی در ریولیت‌ها مشاهده می‌گردد. حداقل پنج شکل کانی‌سازی در این منطقه قابل تفکیک است که شامل کانسنگ آهن توده‌ای با کمی آپاتیت، کانسنگ آپاتیت- مگنتیت، رگه- رگچه‌های نامنظم (استوک‌ورک) در سنگ سبز برشی‌شده، نوع پراکنده و رگه‌های توده‌ای خالص آپاتیتی می‌باشند. سنگ‌ میزبان در محدوده کالکو‌آلکالن قرار دارد.